Już w XIV w. w centrum wsi stał drewniany kościół św. Jana Ewangelisty, na którego miejscu później wybudowano nowogotycką kaplicę Maryi. Obecny kościół św. Małgorzaty stoi samotnie na górze ponad Szonowem na zachód od centrum wsi. Budowę rozpoczęto w 1726 r. i trwała ona prawdopodobnie cztery lata. Projekt przypisywany jest Kilianowi Ignacemu Dientzenhoferowi.
Kościół jest w ciekawy sposób zorientowany frontową ścianą z wieżami w kierunku widocznego stąd broumovskiego klasztoru. Kościół postawiono na rzucie wyciągniętego ośmiokąta, a do sześciu krótszych boków obie orientacje mają dołączoną dalszą przestrzeń. Przy fasadzie wejściowej dwie graniastosłupowe wieże z szeroko rozciągniętą między nimi przestrzenią, a na końcu są dwie zakrystie z prezbiterium w centrum. Budowla ma łącznie sześć wejść, z czego trzy prowadzą do przedsionka kościoła a trzy do nawy. Początkowo kościół miał cztery dzwony, jednak większość zarekwirowano podczas pierwszej wojny światowej. W 1927 r. zamówiono trzy nowe dzwony, które wykonał broumovski warsztat ludwisarski Octava Wintera. Wszystkie dzwony, oprócz jednego, w czasie drugiej wojny światowej znowu zabrano, a ten, który został umieszczono później na wieżę kościoła klasztornego w Broumovie. Wnętrze kościoła szonowskiego było w znacznym stopniu zdewastowane i rozkradzione. Pomimo tego w kościele ponownie odbywają się msze.